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2012-12-23 12:58:17 作者:企鹅替身 来源:化石网 浏览次数:82 文字大小【】【】【

摘要: 蓝色成对率位点估计小于2.5亿年,红色则大于2.5亿年 (化石网/企鹅替身 编译)丹麦和葡萄的研究人员利用内源性逆转录病毒(endogenous retroviruses,简称ERVs)这一新方法来追溯人类进化事件的发 ...

蓝色成对率位点估计小于2.5亿年,红色则大于2.5亿年

 

蓝色成对率位点估计小于2.5亿年,红色则大于2.5亿年

 

    (化石网/企鹅替身 编译)丹麦和葡萄的研究人员利用内源性逆转录病毒(endogenous retroviruses,简称ERVs)这一新方法来追溯人类进化事件的发生时间.文章发表在《科学公共图书馆》《Public Library of Science》上。


    “跳跃基因”(jumping genes)一词指的是基因编码的物理交换过程中基因信息在物种间的交换。人类也不可避免的受到一些疾病基因编码的侵袭,在人类漫长的进化历史中始终伴随着某些疾病所带来的危害,比如癌症。


    逆转录病毒感染在动物的进化历史长河中已经存在了上百万年。在有些情况下,寄生的基因会融入到宿主的种系中,这就是内源性逆转录病毒。你可以把其理解为保存在基因中的“化石”,人类基因中高达8%是由这些“化石”所组成。


    在经过数百万年的基因变化,大部分内源性逆转录病毒是保持休眠状态;但有些仍然会发挥其基因编码的作用,它们的作用有好有坏,有些能调节宿主的免疫反应,有些则会促使疾病的发生,如多发性硬化和某些类型的癌症。但在目前,年代超过2.5亿年前的逆转录病毒序列不能在今天的基因组中被发现。


    文章作者比较了两种计算方法:基本的系统发育方法(basic phylogenetic method)和需要密集计算的蒙特卡罗马尔科夫链(Monte Carlo Markov Chain,MCMC)方法,研究者发现这两种方法对于小于4000万年的内源性逆转录基因的预测都比较相近。而大于4000万年的结果则出现了明显分歧,年代久远,分歧越大。


    两种方法各有优劣,当数据量大的时候MCMC方法的计算会非常耗时。对于全基因组研究来说,在保证计算可行性和准确性的时候,简单的系统发育方法则是一个较好的选择。(化石网/企鹅替身 编译)

 

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